После окончания Кубанского медицинского института в 1940 году, она начала свою карьеру в качестве цехового терапевта в Электростали, Московская область. Однако вскоре, в октябре 1941 года, с началом Великой Отечественной войны, Софья Яковлевна вместе с коллегами была эвакуирована в Чебаркуль, где активно включилась в работу местного металлургического завода. Она инициировала создание ночного профилактория при металлургическом заводе, организовывала сельские участковые больницы и оказывала лечебную и консультативную помощь местным жителям.

Четыре года она занимала должность участкового терапевта, а затем возглавила заводскую медико-санитарную часть. В 1959 году, когда районная больница и медсанчасть завода объединились, Фахурова стала заведующей терапевтическим отделением Центральной районной больницы. Благодаря её высокому профессионализму и внимательному отношению к пациентам, в 1970 году она была удостоена звания «Почётный гражданин г. Чебаркуля».

Софья Яковлевна активно содействовала развитию здравоохранения в Чебаркуле. За свои заслуги Фахурова была награждена несколькими медалями, включая «За трудовое отличие» (1954), которую она получила за значительный вклад в развитие здравоохранения, и медаль «За доблестный труд» в ознаменование 100-летия со дня рождения В. И. Ленина (1970).

Софья Яковлевна ушла из жизни 14 июня 1992 года в Чебаркуле, оставив после себя яркую память о своей работе и преданности делу. Она была матерью почётного гражданина Чебаркуля В. Г. Фахурова, что свидетельствует о её семейных корнях и значении личности в местной истории.