В соответствии с п.п. 3 п. 6 ст. 346.45 Налогового кодекса Российской Федерации индивидуальный предприниматель теряет право на применение патентной системы налогообложения в случае нарушения срока уплаты налога.
В этом случае в соответствии с п.7 ст. 346.45 Кодекса за период действия патента налоги исчисляются и уплачиваются в порядке, предусмотренном для вновь зарегистрированных предпринимателей и в соответствии с общим режимом налогообложения. Исчисленная сумма налога на доходы физических лиц уменьшается на сумму налога, уплаченного в связи с применением патентной системы налогообложения.
По мнению Минфина России, изложенному в письме от 28.11.2014
№ 03-11-09/60956, после утраты индивидуальным предпринимателем права на применение патентной системы налогообложения неуплаченный (полностью или частично) налог взысканию не подлежит, а начисления по нему подлежат сторнированию. В случае уплаты налога после установленного срока, образовавшаяся переплата может быть возвращена налогоплательщику или зачтена в счет уплаты других налогов в порядке, установленном ст. 78 Кодекса.
Указанная позиция доведена до налоговых органов письмом ФНС России от 09.12.2014 № ГД-4-3/25457@.
Подробная информация о порядке применения патентной системы налогообложения доступна в Интернет – сервисе «Разъяснения Федеральной налоговой службы, обязательные для применения налоговыми органами»
на сайте www.nalog.ru.